Cikal Bakal Lahirnya UPMJ ini Diawali dengan Keinginan yang Kuat dari Tokoh-Tokoh Penggagas yang Memiliki Komitmen Terhadap Situasi dan Kondisi Pendidikan di Papua.
Mengapa itu menjadi penting?
Beberapa hal yang perlu menjadi perhatian Pemerintah tidak terkecuali Institusi/Lembaga Pendidikan yang ada di Daerah Papua adalah sebagai berikut:
Tingginya Kesenjangan pembangunan di Papua Dapat Diatasi paling tidak dikurangi melalui Kebijakan, Tindakan, Perencanaan, dan Kolaboratif dari semua Elemen Masyarakat. Faktor yang sangat penting adalah Membangun Manusianya (SDM) melalui Sektor Pendidikan.
UPMJ digagas untuk membantu pemerintah melalui pendidikan tinggi. Dalam mengawali pendirian UPMJ, hakikatnya dimulai dari tingkat TK, SD, SMP, dan SMA dengan berbasis pendidikan dasar yang dipadukan dengan prinsip Keislaman yang kokoh bagi Santri/Murid yang telah berjalan selama ± 15 tahun. Dengan antusias dan pengalaman ini, menjadi pemikiran awal untuk membangun sistem pengembangan pendidikan tinggi secara internal guna memberikan solusi terhadap output yang diciptakan yakni (lulusan).